Fakultas kedokteran Universitas Islam Sultan Agung didirikan pada tanggal 10 Oktober 1963, kurang lebih 17 bulan setelah berdirinya Universitas Islam Sultan Agung pada tanggal 20 Mei 1962 dan kemudian mendapat SK terdaftar No 74/B.S.T/P/64 tanggal 28 Pebruari 1964 yang ditandatangani oleh Moh. Sa’id pejabat Kepala Biro Perguruan Tinggi Swasta Departemen Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan.

Bangunan fisik terletak di Jalan Raya Kaligawe Km.4 Semarang. Sejak awal berdirinya Fakultas Kedokteran Unissula telah memiliki teaching hospital yang berada dalam satu naungan YBWSA ( Yayasan Badan Wakaf Sultan Agung) yaitu Rumah Sakit Islam Sultan Agung dan lokasinya bersebelahan dengan Fakultas Kedokteran.

Program studi kedokteran umum Fakultas Kedokteran Unissula yang telah berusia 42 tahun ini, sejak tanggal 24 Agustus 1998 berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi (BAN-PT) No. 001/BAN-PT/AK/VIII/1998 telah memperoleh Status Terakreditasi dengan peringkat B. Dengan demikian Fakultas Kedokteran Unissula berhak menyelenggarakan sistem pendidikan, termasuk di dalam sistem evaluasi/ujian secara mandiri, artinya sampai tingkat sarjana kedokteran sudah tidak ada lagi ujian Negara.

1. Visi

Fakultas Kedokteran Unissula memiliki visi yang sejalan dengan visi lembaga yaitu:

“Fakultas Kedokteran terkemuka dalam membangun generasi khaira ummah, mengembangkan iptek bidang kedokteran dan kesehatan atas dasar nilai-nilai Islam, dan membangun peradaban Islam menuju masyarakat sejahtera yang dirahmati Allah SWT dalam kerangka rahmatan lil’alamin”.

2. Misi

Program Studi Kedokteran Umum Fakultas Kedokteran Unissula memiliki misi yaitu menyelenggarakan pendidikan kedokteran dalam rangka dakwah islamiyah yang berorientasi pada kualitas dan kesetaraan universal, dengan:

1. Merekonstruksi dan mengembangkan iptek bidang kedokteran dan kesehatan atas dasar nilai-nilai Islam untuk memajukan pendidikan kedokteran dan kesejahteraan masyarakat
2. Mendidik dan mengembangkan sumber daya insani yang isalmi pada semua program pendidikan tinggi ilmu kedokteran dalam rangka membangun generasi khaira ummah tafaqquh fiddin yang selamat menyelamatkan, dan menjunjung tinggi etika kedokteran Islam, dengan kualitas kecendekiawanan dan kepakaran standar tertinggi, siap melaksanakan tugas kepemimpinan dan dakwah.
3. Mengembangkan pengabdian kepada masyarakat dalam membangun peradaban Islam melalui upaya memajukan kesehatan menuju masyarakat sejahtera yang dirahmati Allah SWT.
4. Mengembangkan gagasan dan kegiatan agar secara dinamik senantiasa siap melakukan perbaikan kelembagaan sesuai dengan hasil rekonstruksi dan pengembangan Iptek bidang kedokteran dan kesehatan atas dasar nilai-nilai Islam, dan perkembangan masyarakat.

3. Tujuan

Fakultas Kedokteran Unissula memiliki tujuan:

1. Terselenggaranya proses rekonstruksi dan pengembangan iptek bidang kedokteran dan kesehatan atas dasar nilai-nilai Islam secara konsisten dan berkelanjutan untuk kemajuan pendidikan dan kesehatan masyarakat sejalan dengan perkembangan kebutuhan menuju masyarakat sehat sejahtera yang dirahmati Allah SWT.
2. Terbentuknya jamaah pendidik yang bertaqwa tafaqquh fiddin, dengan kualitas kecendekiawanan dan kepakaran di bidang kedokteran dan kesehatan standar tertinggi dan kesetaraan universal, yang selamat menyelamatkan, menjunjung tinggi etika kedokteran Islam, menguasai nilai-nilai dasar Islam dan Islam untuk disiplin ilmu kedokteran dan kesehatan, bahasa Inggris dan teknologi informasi, istiqamah melaksanakan tugas kependidikan, pengembangan iptek, kepemimpinan dan dakwah.
3. Terselenggaranya pendidikan kedokteran pada program Sarjana, Magister, Profesi, dan Doktor dan kegiatan pendidikan lainnya yang sejalan dengan kebutuhan menuju masyarakat sehat sejahtera yang dirahmati Allah SWT.
4. Menghasilkan generasi khaira ummah tafaqquh fiddin dengan penguasaan ilmu kedokteran dan kesehatan standar kesetaraan universal, yang selamat menyelamatkan, menjunjung tinggi etika kedokteran Islam, menguasai nilai-nilai dasar Islam dan Islam untuk disiplin ilmu kedokteran dan kesehatan, bahasa Inggris dan teknologi informasi, siap melaksanakan tugas keemimpinan dan dakwah.
5. Terwujudnya partisipasi aktif dalam upaya membangun masyarakat dan peradaban Islam, melalui studi dan penelitian intensif, bermutu, dan relevan, menuju masyarakat sehat sejahtera yang dirahmati Allah SWT.
6. Terselenggaranya silaturrahim yang intensif dengan islamic studies dan islamic center di seluruh dunia dalam pengembangan ilmu kedokteran dan ilmu kedokteran Islam.
7. Menjadi rujukan dalam pendidikan, penelitian, dan pelayanan kedokteran dan kesehatan masyarakat dalam rangka membangun peradaban Islam.
8. Terselenggaranya proses evaluasi diri dan penjaminan mutu secara teratur dan berkelanjutan.
9. Terselenggaranya proses yang konsisten dalam penyempurnaan kelembagaan, administrasi dan sistem informasi manajemen untuk menunjang kualitas pembinaan, dan pengembangan fakultas di bidang pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.
10. Terwujudnya Rumah Sakit Islam Sultan Agung sebagai Rumah Sakit Pendidikan yang berkualifikasi B Plus untuk 5 tahun ke depan, dan A Plus untuk 10 tahun ke depan.